Začátek tohoto období byl poznamenán přípravami na boje, ve kterých mělo rakouské vojsko obstát. V blízkosti Karlových Varů bylo válčiště, a tak se zdálo, že to bude ústav taktickou výhodou, která sledovala dostatečné rozptýlení pacientů do sanitních zařízení a skutečně se s využitím ústavu k tomuto účelu počítalo, ale vzhledem k okolnostem nebyl potřeba, protože nastalo jeho nutné rozpuštění, kvůli přílišnému přiblížení nepřátel, a tak se personál i s přístroji pěším pochodem měli přemístit do Plzně.
Dne 1. června skutečně přišel telegraf s příkazem z Prahy, který nařídil okamžité rozpuštění ústavu. Hned následující dny odsud odjíždí 28 dvojspřeží s vozy a dvěma kolesy směrem na Plzeň. Během doby, kdy byl rozpuštěn, nebyl využit ani pro ubytování ani pro jiné vojenské účely, protože pruská vojska opakovaně pochodovala přes Karlovy Vary.
15. října 1866 došlo k obnovení ústavu, ale v tomto roce ještě nebyl využit. V následujících letech po válce byl velký zájem o umístění v ústavu, a to tím způsobem, že u mužstva nebyla kapacita plně využita, ale naopak důstojnická kapacita nestačila. Po těchto skutečnostech nařídilo zemské generální velitelství v Praze adaptaci 8 pokojů pro důstojníky na úkor jiných místností. V roce 1869 byl schopen ústav nabídnou 35 pokojů pro důstojníky. Díky těmto okolnostem později válečné ministerstvo nařídí adaptaci o dalších 10 pokojů pro důstojníky, a tak se mužstvu kapacita snižuje na 164 lůžek. Jak se obsazení důstojníky navyšovalo, tak byla i větší potřeba zvýšit míru komfortu. Spolu s těmito událostmi se usilovalo i o zlepšení hygienických podmínek, a to hlavně o chemicky čistší vodu, která byla doposud brána z majetku paní Theresy Tippmanové, podle darovací listiny na odběr vody. Naskytla se příležitost napojit se na městský vodovod, které se využilo, a tak byl lázeňský dům opatřen novým vodovodním vedením roku 1874.
Kvůli změnám ve stavební správě roku 1873, se původní dřevěný most před Vojenským lázeňským domem nahradil kamenným mostem a náš ústav na něj dostal doživotní právo ho používat.