24. listopadu 1890 se po přívalových deštích rozvodnila říčka Teplá a zaplavila celé údolí Karlových Varů, v Mariánské ulici dosahovala voda jednoho metru. Ve Vojenském lázeňském domě bylo zaplaveno celé přízemí a došlo ke značným materiálním škodám, které byly rychle odstraněny a při té příležitosti bylo celé přízemí zmodernizováno. Lázeňská sezóna pak začala v roce 1891 v normálním termínu.
Roku 1897 začíná rekonstrukce lázeňského domu. Ukazuje se, že budova je už značně opotřebená a její vzhled neodpovídá prestiži, jakou toto město díky svému lázeňství dostalo. Zároveň si vedení začíná uvědomovat, že je hotel i zevnitř nevhodně vybaven, potýká se s nerovnoměrným rozložením pokojů, špatném zařízením, nevhodným osvětlením, primitivním vybavením pokojů, nevhodnými záchody, poškozenou krytinu atd., prostě hotel působí poněkud ošuntěle a zastarale. Rekonstrukce se rozdělila do dvou etap. V 1. etapě se postavila nová budova se záchody. Tato stavba stála na boční frontě domu a vybavena nejmodernějším zařízením jako je třeba spádové splachování klozetů (záchodů), ventilace, vytápění horkým vzduchem atd. Byla přestavěna a zlepšena i kanalizace domu a konec této rekonstrukce se dovršil roku 1903.
V druhé etapě se vyměnila střešní krytina, přebudovaly kouřovody a bleskosvody, postavila se nová jídelna pro mužstvo, rozšířil se vodovod, instalovaly se hydranty atd. Dále se pracovalo na vnějším vzhledu budovy. Začala oprava fasády a během toho se zazdila středová okna v nárožích. Také byly mezi dvě krajní okna v prvním poschodí přidány dvě niky (prohlubně do zdi) a do nichž byly umístěny sochy. Do jedné niky byla přidána socha Árese a do druhé pak socha bohyně Hygieie. Na bocích budovy během této etapy se přidaly plastiky dobových zbraní a na průčelí v úrovni druhého poschodí byly doplněny letopočty. Práce této etapy byly dokončeny roku 1905.
V roce 1924 došlo ke zvýšení budovy o jedno patro, ano, ústav neměl odjakživa tři, nýbrž dvě patra. Díky tomuto kroku vznikl prostor pro dalších 180 osob, aby se nahradila kapacita, kterou tehdy zabíraly krámky, které byly původně v přízemí lázeňského domu. Lázeňský dům se totiž rozhodl, že českým obchodníkům, kterým Němci nechtěli pronajímat jakékoliv prostory, dá k dispozici své přízemí, aby se mohli živit. Tato stavba byla však soudně napadena, jelikož byla provedena bez jakéhokoli většího stavebního povolení, avšak Vojenská léčebna se opírala o to, že na střeše byly mansardy (jakési vikýře „trčící“ ze střechy), které se svým způsobem jen propojili a střecha se zvedla jen o pár čísel, a tak povolení nebylo zapotřebí. V tomto soudním sporu byla naštěstí čest lázeňské léčebny uhájena a díky tomu má svůj charakteristický vzhled.
Po ukončení války se podařilo zahájit opětovnou léčbu prvních pacientů ústavu již v průběhu září 1945. Ústav reagoval na zavádění moderních prvků do léčby tím, že roku 1948 došlo k rozšíření služeb o rentgen, moderní laboratoř a zavedení nových léčebných procedur jako masáže a vodoléčbu.
3. května roku 1958 díky svému stavebnímu stylu a zachovalosti byl lázeňský dům zapsán do ústředního seznamu kulturních památek.
V roce 2011 došlo k opětovné rekonstrukci fasády.
Mezi lety 2015 a 2017 došlo k částečné rekonstrukci 31 pokojů a apartmánů. Rekonstrukce spočívala zejména ve výměně dožilých rozvodů vody, kanalizace, elektroinstalace a topení ve stávajících pokojích, se související opravou povrchů, obkladů a dlažeb. Tato rekonstrukce dále zahrnovala procedury vodoléčby a v neposlední řadě také pokoje a jejich vybavení.
V roce 2021 byla rekonstruována i kašna a socha zakladatele. Kašna byla rekonstruována z důvodu průsaku vody a socha zakladatele se začala nebezpečně naklánět směrem k budově a hrozil pád pomníku. Aby se pomník dal zachránit, musel být demontován a rozebrán a během toho se v něm našla zinková časová schránka, v níž byl soupis zakládajícího spolku, část účetnictví a plechovka, která s největší pravděpodobností obsahuje zlatou barvu, jíž byl pravděpodobně pomník popsán. Krabička se však neotevřela, neboť hrozilo její poškození či úplné zničení. Po zrekonstruování pomníku a opravení podloží se vedení VLL Sadový Pramen rozhodlo vložit časovou schránku zpět a to dne 29.7.2021. K původním dokumentů se lázeňský dům rozhodl přidat životopis zakladatele ústavu, sepsanou historii střeleckého spolku, jehož součástí zakladatel byl spolu s dnešními fotkami VLL a vše bylo i uloženo na USB disk (který tam byl taky vložen). K velkému štěstí lázeňského domu zde byl zde na preventivním rehabilitačním pobytu kaplan pplk. Mgr. Miloslav Kloubek. Ten s radostí vyhověl prosbě VLL, požehnal a ku příležitosti vložení schránky zpět pronesl řeč.